Есть два способа клонирования: штатный и ручной.
Штатно клонирование выполняется одной командой:

virt-clone -o old-vm -n new-vm --auto-clone

Собственно, всё. Осталось зайти туда и настроить. Об этом ниже.

Ручной способ более долгий и нудный, но позволяет всё учесть и проконтролировать.
1) Для начала останавливаем исходную машинку

virsh shutdown old-vm

2) Копируем диск машинки в новый файл как вам удобнее. Таким образом должны получить new-vm.img в той же папке, то и old-vm.img
3) Копируем файл настроек

virsh dumpxml old-vm > /tmp/new-vm.xml

4) Удаляем из /tmp/new-vm.xml записи uuid и mac адрес (libvirt их создаст самостоятельно при установке) и меняем имя машины
Например, так:

sed -i /uuid/d /tmp/new-vm.xml 
sed -i '/mac address/d' /tmp/new-vm.xml 
sed -i s/old-vm/new-vm /tmp/new-vm.xml

Ну или вручную любым редактором.

5) Создаём новую машину и запускаем обе

virsh define /tmp/new-vm.xml 
virsh start old-vm 
virsh start new-vm

Готово.

Теперь на новую машину можно зайти по vnc и настроить. Порт для vnc будет 5901, но возможны варианты. Подробности читайте в предыдущем сообщении. Там же написано про проброс портов(в скрипте нужно указать другой адрес и порты. Лучше сделать копию скрипта с новыми данными).
Первым делом нужно поменять имя машины в

/etc/hosts
/etc/hostname

А также настроить порты ssh, apache и всего остального.

Иногда могут возникнуть проблемы с доступом к машине, поэтому рекомендуется удалить на ней файл /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
Но я предпочёл просто его очистить.